AtomSync kümmert sich darum, dass die Uhrzeit auf dem Rechner immer korrekt eingestellt ist. Die Software verbindet sich dazu via Internet mit verschiedenen Internet-Zeitservern und stellt die Systemuhr nach diesen Daten. So hat man immer die richtige Systemzeit auf dem Rechner. Vor allem für zeitsensible Programme ist dies ein absolutes Muss. Die Uhr wird dabei auf wenige tausendstel Sekunden genau gestellt. Zusätzlich zeigt das Tool auf Wunsch die aktuelle Uhrzeit in grafischer Form an. Dazu verwendet AtomSync animierte Figuren der MS Agents.