Bei Cloner3D ist es Ihr Ziel aus herumfliegenden Atomen Moleküle zu bauen. Zu diesem Zweck müssen Sie die Atome aber vorher erst einsammeln. Am Anfang sehen Sie 6 verschiedenfarbige Atome auf dem Spielfeld. Je größer das Molekül wird, desto mehr Punkte erhalten Sie. Das Spiel kann auf 4 verschiedene Arten gespielt werden.