Mit dem Folder Marker Pro kann man Ordner individuell gestalten. Durch das Markieren von bevorzugten Ordnern kann man diesen verschiedenen Eigenschaften geben und auch diverse Sicherungen einbauen. So können z.B. Ordner mit einem Schutz belegt werden. Dieser verhindert, dass jemand ungewollt Dateien daraus löschen kann. Des Weiteren kann man verschiedenen Ordnern unterschiedliche Prioritäten geben. So kann man auch bei einer Vielzahl von Ordnern die Übersicht verbessern.