Der Free Download Manager wird nach der Installation automatisch mit den bereits vorhandenen Browsern verknüpft. Wenn also später der Download einer Datei gestartet wird, tritt der Free Download Manager in Aktion.

Sämtliche Downloads werden beim Free Download Manager in der Liste eingetragen. Damit ein Download gestartet wird, muss also zuerst ein neuer Eintrag hinzugefügt werden. Dieser Vorgang wird jedesmal, wenn eine Datei heruntergeladen werden soll, mit einem Fenster namens "Download hinzufügen" gestartet. Dieses Fenster zeigt an, welcher URL für den Download der Datei verwendet wird. Sollten für einen Download ein Benutzername und Passwort benötigt werden (z.B. für einen FTP-Server) ist der Haken bei "Benutzername und Passwort sind notwendig" zu setzen. Anschließend kann bei "Benutzer:" der Benutzername und bei "Passwort:" das entsprechende Passwort eingegeben werden. Ist der Downloadlink bekannt, kann er durch einen Klick auf das blaue "+"-Symbol auch manuell hinzugefügt werden. Es wird das gleiche Fenster geöffnet, das auch für einen Download aus dem Browser angezeigt wird.

Unter "Downloadtyp:" können die Aktionen festgelegt werden, die der Free Download Manager mit einer fertig heruntergeladenen Datei durchführen soll. Ist "Datei speichern" gewählt, wird die Datei nach dem Herunterladen im entsprechenden Ordner abgespeichert. Ist "Datei öffnen" gewählt, wird die Datei in einen temporären Ordner gespeichert und nach dem Download sofort geöffnet. Ist "Datei speichern und öffnen" gewählt, wird die Datei heruntergeladen, im entsprechenden Ordner gespeichert und dann sofort geöffnet. Bei "Speicherordner" wird der Ordner festgelegt, in dem der Download gespeichert werden soll. Standardmäßig wird hier der Ordner gewählt, der in den Einstellungen vermerkt ist.

Bei "Start" kann ausgewählt werden, wann ein Download gestartet werden soll. Ist die Option "Automatisch" gewählt, wird der Download gestartet, sobald dies den festgelegten Beschränkungen (Downloadzahl, Verbindungen etc.) entsprechend möglich ist. Ist "Manuell" eingestellt, wird der Download zwar in die Liste eingefügt, jedoch nicht gestartet. Soll der Download später gestartet werden, muss der Eintrag in der Liste ausgewählt und manuell begonnen werden. Mit Hilfe des "Zeitplaners" lässt sich festlegen, zu welcher Zeit der Download gestartet werden soll. Um die Einstellungen für den zeitgesteuerten Start des Downloads festzulegen, klickt man auf das kleine Symbol neben "Zeitplaner".

Ein weiteres nützliches Feature des Free Download Managers besteht darin, dass bereits vor dem Start eines Downloads dessen Größe abgefragt werden kann. Dazu genügt ein Klick auf den Button "Größe abfragen". Die Schaltfläche selbst zeigt danach die Größe des Downloads an.

Ein anschließender Klick auf "OK" startet den Download bzw. fügt ihn in die Liste ein. Zu jedem aktiven Download kann ein eigenes Fenster angezeigt werden. In diesem sieht man die aktuelle Downloadgeschwindigkeit, den Downloadfortschritt und andere interessante Informationen.

Ein großer Vorteil eines Download-Managers ist die Möglichkeit, abgebrochene Downloads fortsetzen zu können, weshalb sich gerade bei großen Dateien der Einsatz eines solchen Helfers empfiehlt. Diese sogenannte "Resume"-Funktion muss jedoch auch vom Server unterstützt werden. Ist dies der Fall, zeigt der Free Download Manager im Downloadfenster bei "Wiederaufnahme" ein "Ja" an. Andernfalls hilft auch kein Downloadmanager, wenn der Download aus irgendeinem Grund unterbrochen wird.

Einige Download-Server beschränken die Anzahl der Verbindungen, die für das Herunterladen einer Datei gleichzeitig verwendet werden können. Dies kann auch für die Zahl der Downloads gelten, die gleichzeitig geladen werden dürfen. Oft ist es nicht möglich, mehr als 2 Dateien gleichzeitig von einem Server herunterzuladen. Der Free Download Manager passt sich diesen Umständen automatisch an, kann sie jedoch nicht umgehen.